حفاظت خاک بعنوان یک موجود زنده واحد بعنوان اولین و اصلی‌ترین هدف در کشت زیستی مد نظر قرار می‌گیرد. بطوریکه سایر عوامل و نهادها باید به گونه‌ای باشد که در دراز مدت سبب حاصل‌خیزی بیشتر خاک و احیای اکوسیستم زندة آن گردد. اقداماتی که در کشاورزی زیستی انجام می‌شود به قرار زیر است:
##کشت مخلوط
##کود سبز
##مالچ‌های زیستی
##تناوب زراعی
##شخم کم عمق
##استفاده از عناصر غذایی مکمل‌های مجاز
##استفاده از بقایای گیاهی و دامی
##تغذیه موجودات مفید خاکزی مانند کرم خاکی
##گیاهان پوششی
##پودر سنگهای سیلیکات برای قلیایی سازی خاک